Nació en Buenos Aires (Argentina, 27.12.1941). Su formación e intereses como historiadora tienen como eje a España, a menudo en un enfoque comparativo con el resto de Europa o relacionándolos con México e Hispanoamérica. Sus trabajos se han centrado en las migraciones y exilios de españoles a México y a Sudamérica, así como en la historia social de los movimientos revolucionarios europeos y el mundo hispánico, en particular del anarquismo y otros socialismos decimonónicos. También ha explorado diversos temas literarios. En una faceta menos conocida, ha publicado un libro de poesía, Variación última (2002) y poemas en diversas revistas literarias. En la actualidad ha completado un nuevo poemario, Naufragios, de próxima aparición.
Su formación como historiadora se inició en Brandeis University (1959-1963). Obtuvo la Maestría en Historia en El Colegio de México (1964) y el doctorado en Historia y Literatura por la Universidad de Princeton, en 1969. Enseñó en la Wesleyan University (1968-1974) y en la Universidad del Estado de Nueva York, en Stony Brook (1974-1987). Ha sido profesora visitante en la Universidad de California, en Los Ángeles, en la Universidad Internacional Menéndez y Pelayo, en la Escuela de Altos Estudios en Ciencias Sociales (París), entre otras instituciones. Además, ha dictado numerosos cursillos, seminarios y conferencias en instituciones académicas de México, España, los Estados Unidos, Europa, América Latina y Japón. En 1969 fundó en los Estados Unidos la «Society (hoy Association) for Spanish and Portuguese Historical Studies», que presidió entre 1969 y 1972. Desde 1982 es Profesora-Investigadora en el Centro de Estudios Históricos de El Colegio de México.
Por sus aportaciones a la historia de España y al estudio de los españoles en México, en 1995 fue invitada a ocupar la Cátedra Extraordinaria Maestros del Exilio, de la Universidad Nacional Autónoma de México. En 2006 fue condecorada con la «Encomienda de la Orden del Mérito Civil» otorgada por el Estado Español por sus méritos académicos. En 2007, el Instituto de Ciencia y Tecnología del Distrito Federal le otorgó la medalla «Por la generosidad de compartir» y creó el «Premio Clara E. Lida», en la categoría “Educación, Ciencia y Sociedad”. Por su parte, la Universidad de Cádiz le otorgó en 2009 el Doctorado honoris causa. En 2018 fue distinguida con la creación del Premio «Clara Lida en Historia Social», por la Asociación Latinoamericana e Ibérica de Historia Social (ALIHS).
Desde 2010 es Investigadora Nacional Emérita del Sistema Nacional de Investigadores y miembro regular de la Academia Mexicana de Ciencias. Ha sido acreedora de varias becas y distinciones otorgadas, entre otras, por la Rockefeller Foundation, el Social Science Research Council, el American Council of Learned Societies, la UNESCO, el Deutscher Akademischer Austausch Dienst, la State University of New York Research Foundation. También ha sido Princeton University Honorary Fellow; Visiting Faculty Fellow del Center for the Humanities, Wesleyan University; Visiting Fellow del International Institute for Social History (Amsterdam); Guest Member del Columbia University Seminar on Labor History y Guest Member del Columbia University Seminar on Latin American History, entre otros. Ha sido nombrada Miembro Honorífico de la Academia Mexicana de la Historia y Miembro Correspondiente de la Academia Nacional de la Historia, Buenos Aires, Argentina.